El campeón alemán, invicto en la Bundesliga, mantuvo su ventaja al frente de la clasificación tras golear 4-0 al Eintracht de Frankfurt.
Thomas Muller fue el héroe del día, marcando tres para el equipo de Pep Guardiola.
El internacional alemán ha marcado en 50 partidos de la Bundesliga y el conjunto bávaro no ha perdido cuando él ha marcado, ganado 47 de esos partidos y empatando tres.
Shaqiri marcó el cuarto del Bayern, que suma seis victorias en siete partidos.
Ahora el Bayern es líder con 27 puntos, cuatro por delante del Wolfsburgo y adelantando en siete al Borussia Mönchengladbach.
El Bayern es el siguiente rival del City en la quinta jornada de la Champions League y los alemanes ya están clasificados como primeros de grupos.
Por su parte, el AS Roma goleó 3-0 al Torino en la vuelta del centrocampista Strootman.
Torosidis adelantó a los capitalinos antes de que Seydou Keita doblara la ventaja a los 30 minutos de juego. Pjanic se encargó de cerrar el marcador.
Por último, el CSKA de Moscú perdió el derbi ante el Dinamo por 1-0 y se quedan a siete puntos del Zenit, líder de la clasificación.